在企业日常经营中，增值税专用发票的管理是一项重要工作。然而，在实际操作过程中，可能会遇到需要对已经勾选认证的增值税专用发票进行撤销的情况。这种情况虽然不常见，但一旦发生，就需要企业及时采取措施来解决问题。

首先，我们需要了解什么是增值税专用发票的勾选认证。勾选认证是指企业在税务系统中确认收到的增值税专用发票的真实性和合法性，并将其作为抵扣税款依据的过程。一旦完成勾选认证，该发票的信息就会被锁定，不能随意更改或删除。

那么，当确实需要撤销已勾选认证的发票时，企业应遵循以下步骤：

1. 检查原因：首先，企业需要明确为什么需要撤销该发票。是由于发票信息有误，还是因为交易未实际发生？只有明确了原因，才能更好地与税务机关沟通并提供相应的证明材料。

2. 联系主管税务机关：企业应当尽快联系其主管税务机关，说明情况并申请撤销操作。通常情况下，税务机关会要求企业提供详细的书面申请以及相关证明文件。

3. 提交必要资料：根据税务机关的要求，准备齐全所有必要的资料，包括但不限于错误发票的复印件、交易双方签订的相关合同、付款凭证等。这些资料将用于证明该笔交易确实存在问题或者不存在。

4. 等待审核结果：提交完所有所需材料之后，企业需要耐心等待税务机关的审核结果。在此期间，保持与税务机关的良好沟通非常重要。

5. 后续处理：如果税务机关同意撤销，则可以按照指示完成后续的操作；若不同意，则需进一步协商解决办法。

需要注意的是，每个地区的具体流程可能会有所不同，因此企业在处理此类问题时一定要严格按照当地税务局的规定来进行。此外，为了避免类似情况的发生，在日常工作中应当加强对增值税专用发票的管理和核验力度，确保每一张发票都准确无误。

总之，面对已勾选认证的增值税专用发票需要撤销的情形时，企业既要有积极应对的态度，也要具备足够的耐心和细致的态度去处理每一个环节。通过以上方法，大多数情况下都能够顺利解决问题。同时，这也提醒我们，在未来的财务管理中要更加注重细节管理，以减少不必要的麻烦。